A pedologia de São Joaquim é formada predominantemente por solos jovens, pouco espessos e pedregosos, com textura argilosa (> 35% de argila), distróficos e ácidos (pH < 6,5). As principais classes de solos encontradas são os Neossolos com associações de Nitossolos e Cambissolos e inclusões locais de Organossolos e Gleissolos (EMBRAPA, 2004, DORTZBACH, 2016; SANTOS, 2016; SANTOS et al., 2019; SANTOS et al., 2023).

Os Neossolos são moderadamente drenados, possuem textura argilosa, menos de 60 cm de profundidade, com média de 5,11% de matéria orgânica e pH médio de 4,92.

Os Nitossolos são bem drenados, possuem textura argilosa, mais de 150 cm de profundidade, média de 3,17% de matéria orgânica e pH médio de 5,17.

Os Cambissolos são moderadamente drenados, possuem textura argilosa, entre 60 – 150 cm de profundidade, com média de 4,21% de matéria orgânica e pH médio de 4,99.

Os Organossolos Fólicos são moderadamente drenados, possuem textura argilosa, menos de 60 cm de profundidade, com média de 13,79% de matéria orgânica e pH médio de 4,63 (EMBRAPA, 2004; SANTOS et al., 2023). Os Gleissolos são mal drenados, possuem textura argilosa e profundidade inferior a 60 cm.